روش‌های DNA نوترکیب برای اصلاح ژنتیکی سویه‌های باکتری، مخمر و کپک برای ترویج بیان ژن‌های مطلوب، ممانعت از بیان ژن‌های دیگر، تغییر ژن‌های خاص یا غیرفعال کردن ژن‌ها به‌منظور مسدود کردن مسیرهای خاص استفاده شده است. کاربرد موفقیت‌آمیز اصلاح ژنتیکی برای کاربردهای پردازش زیستی غذا مستلزم توسعه و استفاده از ناقل‌های با گرید غذایی است، یعنی پلاسمیدهایی که حاوی ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی به‌عنوان نشانگر نیستند و متشکل از توالی‌های DNA از میکروارگانیسم‌هایی هستند که به طور کلی به عنوان ایمن (GRAS) شناخته می‌شوند.  یک سیستم مدل برای میکروارگانیسم اصلاح شده ژنتیکی استرپتوکوکوس ترموفیلوس ، یک سویه باکتریایی است که به عنوان کشت استارتر در ماست استفاه می شود. در ردیابی تغییرات ژنتیکی در این سویه پرایمر توالی ژن همولوگ lacZ و کلرامفنیکل استیل ترانسفراز (هترولوگ) را تشخیص می دهد که ژن انتقال یافته در این مدل تغییر یافته ژنتیکی است . از آنجایی که اولین کشت های استارتر برای محصولات لبنی تخمیر شده استفاده شد، جریان اصلی تحقیقات برای بهبود سویه های استارتر لبنی و به ویژه لاکتوکوکوس لاکتیس انجام شده است. با این وجود، در چند سال اخیر، افزایش قابل توجهی در مورد سایر گونه‌های باکتری های اسید لاکتیک ، از جمله آنهایی که در تخمیر گوشت، سبزیجات و شراب نقش دارند، افزایش یافته است. باکتری های اسید لاکتیک شامل باکتری‌های میله‌ای مانند لاکتوباسیل‌ها و کوکسی‌ها مانند استرپتوکوک، لاکتوکوکسی، پدیوکوکسی و لوکونوستوک است. باکتری های اسید لاکتیک به طور گسترده ای  درکشت های استارتر برای تخمیر در صنایع لبنی، گوشت و سایر صنایع غذایی استفاده می شوند. از خواص آنها برای تولید محصولاتی مانند پنیر، ماست، محصولات شیر ​​تخمیر شده، نوشیدنی ها، سوسیس و زیتون استفاده شده است. این باکتری های غذایی می توانند ایمنی، ماندگاری، ارزش غذایی، طعم و کیفیت محصول را نیز بهبود بخشند. علاوه بر این، این باکتری ها می تواند به عنوان کارخانه سلولی برای تولید مواد افزودنی غذایی و ترکیبات معطر استفاده شود. همچنین فرض بر این است که باکتری های اسید لاکتیک ممکن است به عنوان پروبیوتیک عمل کند و به سلامت عمومی مصرف کننده در هنگام مصرف کمک کند.