یکی از روش های کلاسیک برای تعیین غلظت میکروب ها در نمونه، رقیق کردن نمونه، رشد میکروب ها در پلیت ها و شمارش کلنی ها است. میکروب های کشت داده شده از یک واحد تشکیل دهنده کلنی متشکل از یک یا چند سلول به یک کلنی قابل مشاهده رشد می کنند که قابل مشاهده و شمارش است. باکتری ها رایج ترین میکروبی هستند که با استفاده از شمارش پلیت ها ارزیابی می شوند. شمارش کلونی برای شناسایی و شمارش میکروب ها در خاک، آب و غذا استفاده می شود. پروتکل های شمارش کلنی ها بر یک رویکرد دقیق و روشمند تأکید دارند.